对疫区划分隔离后，为了更好地治理鼠疫，首先要灭鼠中心联合各部门共同组织对疫区进行消毒、灭蚤、灭鼠等工作，这里将逐一讲解。
1.消毒
消毒是防止鼠疫疫情扩散的重要措施，是疫区处理的主要任务之一，其目的是将污染范围内的病原微生物杀灭或消除，使之无害化。
对鼠疫患者居住的房间可用1000mL二氧化氯溶液、0.5%或5%来苏儿喷雾消毒(300m1/m3),每天1次，腺鼠疫患者房间每天消毒2次。运送患者的车辆用1000m二氧化氯溶液、0.5%或5%来苏儿水溶液喷雾消毒。车辆外部消毒应加大浓度。
2.灭蚤
鼠疫疫区判定后，在救治病人的同时，应把患者的衣服、被褥全部更换下来进行消毒、灭蚤处理。对患者及密切接触者住处的所有房屋、地面、墙壁、炕面、室内物品等普遍喷洒灭蚤药物，进行初步灭蚤。此时暂不搬动室内物品，以免蚤类四散逃逸而增加感染机会。初步灭蚤后，接着进行第二次彻底普遍的药物灭蚤。对大、小隔离圈首先进行环境灭蚤，同时进行鼠洞灭蚤处理。
应根据流行动态和当地游离蚤的严重程度，灭蚤工作可扩大到警戒区或更大范围。所使用的灭蚤药物可重复或交替使用。对猫、犬等动物严加管理，要求拴养并用药物灭蚤。凡不拴养的猫、犬一律处死。当疫情严重，有发展趋势时可将猫、犬等家养食肉动物全部处死。
隔离圈外围如果是动物鼠疫疫区时，要使用鼠蚤并灭的熏蒸药物处理鼠洞。使用毒饵法灭鼠时，必须及时堵洞，防止蚤类游离洞外。灭蚤可使用敌敌畏、澳氰菊醋、奋斗呐、灭害灵等。用化学灭蚤药物对大、小隔离圈进行室内外环境灭蚤后，要求达到粘蚤纸法(每房间5张)或集土法(每房间5ml)检不到跳蚤的标准。
3.灭鼠
人间鼠疫疫区内的灭鼠工作，必须在灭蚤的基础上或与灭蚤同时进行。大、小隔离圈的室内外灭鼠，应选用高效灭鼠剂，采用熏蒸法或毒饵法进行。除专业人员为了调查和检验目的外，严禁器械灭鼠，以防止鼠疫感染和疫蚤游离。大、小隔离圈内经灭鼠处理后，无论家鼠、野鼠都要达到无鼠无洞的标准。
已证实鼠疫患者的感染来源于当地动物鼠疫疫区时，对灭鼠范围要扩大到隔离圈以外属于动物鼠疫疫区范围内的居民区及邻近地区。对野外疫区旅行鼠蚤并灭的熏蒸剂灭鼠。灭鼠标准为家屋鼠密度降至0.5%以下，生产生活区及其附近的鼠疫主要宿主密度要分别降至:家鼠I%以下，黄鼠1只/10公顷以下，沙鼠3只/10公顷以下，早獭0.5只/10公顷以下。
灭鼠可使用敌鼠钠盐、滨敌隆、磷化锌、磷化铝、氯化苦等。在地广人稀而灭鼠范围大的偏远地区，不具备施用熏蒸剂条件而代之以毒饵灭鼠时，必须在灭鼠的同时，进行洞内投药或堵洞等灭蚤措施。投药者应注意个人防护。
4.环境卫生治理
搞好环境卫生是巩固灭鼠、灭蚤效果的经常性措施，也是检验灭鼠、灭蚤效果的重要指标。要求做到窗明几净，室内无尘，墙壁无缝，地面无洞，粮食储存有防鼠设施，室外无散在垃圾粪便，家畜圈养，街道整洁。在灭鼠公司对疫区经过处理之后，要使居室内外形成一个清洁卫生的环境，清除鼠蚤孽生的场所和病原体存在的隐患。